Natividade da Serra foi fundada pelo Coronel José Lopes Figueira de Toledo, em 1853, sendo elevada à categoria de freguesia pela Lei n.º 033, de 24 de abril de 1858, com a denominação de Nossa Senhora do Rio do Peixe, pertencendo à Comarca de Paraibuna.

Foi elevada à categoria de Vila pela Lei n.º 15, de 18 de abril de 1863, com a denominação de Natividade. Continuou pertencendo à Comarca de Paraibuna pela Lei n.º 061, de 20 de abril de 1866. Foi anexada à Comarca de São Luiz do Paraitinga pela Lei n.º 350, de 26 de agosto de 1895, a qual foi revogada pela Lei n.º 1437, de 18 de dezembro de 1914.

Reduzida à condição de Distrito de Paz pelo Decreto n.º 6.530, de 03 de julho de 1934, foi anexada ao Município e Comarca de Paraibuna e novamente elevada a Município pelo Decreto n.º 7.353, de 05 de julho de 1935, pertencendo à Comarca de Taubaté.

Como no Município, instalado no dia 02 de março de 1864 e reinstalado a 06 de agosto de 1935, foi criado com a freguesia de Nossa Senhora do Rio do Peixe (Natividade). O Decreto Lei 14.334, de 30 de novembro de 1944, modificou-lhe o nome para Natividade da Serra.

Foi incorporado o distrito de Bairro Alto, pela Lei n.º 15, de 18 de abril de 1863.

Em 1973, com a construção da barragem de Paraibuna, ocorreu a inundação da cidade antiga, surgindo a nova Natividade da Serra.

A pesca e a represa atraem hoje turistas da região e da capital.

A represa de Paraibuna é a principal atração turística do município, que atrai grande número de pescadores do Vale do Paraíba e outras regiões do estado. Natividade da Serra foi também presenteada com cachoeiras pitorescas e uma natureza abundante. Seu povo é simples e bastante acolhedor. Estas são as razões pelas quais a jovem cidade tem sido procurada.